Los descubrimientos de piezas de cerámica y alfarería, así como diversas clases de vestigios arqueológicos son prueba irrefutable de que el sitio donde se levantó el pueblo de Santa Elena fue asiento, en épocas prehispánicas, de un poblado indígena de raza maya.
De 600 a 900 ocurrió su máximo florecimiento, en donde se convirtió en una de las metrópolis más pobladas del llamado «Nuevo Imperio Maya».
Otro de los sucesos que ha tenido trascendencia es la destrucción de Uxmal, ocurrida en el Siglo XV, antes de la llegada de los españoles, durante una serie de guerras civiles, a consecuencia de las cuales este sitio fue abandonado.
De sus antiguos moradores se sabe poco y acerca del nombre de este sitio se sabe que era «Nohcacab» y pertenecía a la Provincia de Tutul Xiú. No ha sido posible determinar la fecha de su fundación hispánica; se sabe que hacia el año de 1627 ya se había establecido en este sitio una encomienda.
Declarada la Independencia de Yucatán y su posterior incorporación al resto de la República Mexicana, Santa Elena pasa a formar parte del Partido de Ticul, co territorio del Partido de Tekax.
El pueblo de Santa Elena se erige en cabecera del municipio del mismo nombre en el año de 1918, al disolverse el Partido de Ticul.