Sobre la fundación de Ixil que significa «Lugar donde se eriza», cabecera del municipio del mismo nombre, se desconocen los datos exactos.
En la época prehispánica perteneció al cacicazgo de Ceh-Pech y después de realizada la conquista permaneció bajo el régimen de las encomiendas, mismas que prevalecen durante todo el período colonial.
La evolución de la población comienza en 1821, cuando Yucatán se declara independiente de la Corona Española.
En 1825, Ixil pasa a formar parte del partido de la Costa, teniendo como cabecera a Izamal.
En 1850, pasa a formar parte del partido de Tixkokob, separándose del partido de la Costa.
En 1918, aparece como cabecera del municipio que lleva el mismo nombre. Cabe mencionar que en esta población se descubrió a fines del siglo XIX un documento escrito en la lengua maya que se conoce con el nombre de Chilam Balám de Ixil, el cual no ha sido traducido ni publicado.