El hallazgo de vestigios prehispánicos en el sitio en el que actualmente se encuentra el pueblo de Panabá es la prueba de que este lugar se encontraba poblado durante la época prehispánica por indígenas de la provincia de los Cupules.
No se ha podido precisar la fundación del pueblo de Panabá «Agua hallada por excavación», sin embargo hacia el año 1700 ya se había establecido aquí una Encomienda.
Durante todo el período colonial esta población estuvo sujeta a la jurisdicción de Valladolid a través de Tizimín.
A consecuencia de los cambios ocurridos en la península durante el siglo XIX, Panabá queda incluido en el partido de Tizimín.
En 1918 Panabá se erige cabecera del municipio del mismo nombre.
Arquitectónicos: Destaca, por su singular belleza, el templo de San Pedro ubicado en la cabecera.
Del 10 al 15 de mayo se realiza la feria de san Isidro Labrador, patrono del pueblo. Del 26 al 30 de junio se desarrolla la fiesta en honor de San Pedro y San Pablo.