Esta ciudad se cree que fue realizada por el único Cocom que sobrevivió a la destrucción de Mayapán, en 1441.
Durante la colonia bajo el régimen de encomienda estuvo a cargo de Joaquín de Leguizano (1562) y Andrés de Valdés.
En 1761, ocurrió la primera insurrección importante de la rebelión maya, encabezada por el indio Canek.
El 8 de septiembre de 1848, grupos de indios comandados por Cecilio Chí tomaron la plaza de Yaxcabá esta noticia la recibió, en Mérida el coronel Eulogio Rosado, quien salió hacia el poblado por orden del gobierno, a fin de recuperarla.
En 1923, Yaxcabá se erigió como municipio libre.
Arquitectónicos: Existen en la cabecera municipal, el templo en honor a San Francisco de Asís; la capilla dedicada a la virgen de Guadalupe y la casa llamada Huaycot o también de las Cien Puertas, todos datan de la época de la colonia. Además el templo de Santa Cruz; exconvento y parroquia de San Pedro, y capilla de San Nicolás
Arqueológicos: Libre unión Yaxunah, Ixpanioh, Xucul, Yokdzonot, Xcanyá, Tixcacaltuyub, Yanláh.
En el mes de abril se realiza la fiesta anual a Santa Cruz; del 20 al 29 de junio en honor a San Pedro y San Pablo; del 1° al 5 de octubre San Francisco de Asís; el carnaval