Sobre la fundación de Cenotillo «Cenote Pequeño» cabecera del municipio del mismo nombre, se desconocen los datos exactos.
En la época prehispánica perteneció a la provincia de los cupules y después de realizada la conquista, permaneció bajo el régimen de las encomiendas, entre las que se pueden mencionar la de don Diego Burgos y don Diego López de Ricalde en 1583; y la de don José Domingo Pardío en 1744.
Declarada la independencia de Yucatán del reino español y su posterior anexión al resto de la republica mexicana, la población empieza a figurar como cabecera del municipio teniendo bajo su jurisdicción a 3 pueblos anexos: Tixbacab, Sucilá, Panabá.
El 25 de enero de 1886 adquiere el título de villa por decreto, mismo que es derogado 36 años después para volver a la categoría de pueblo.
Es posible que después hubiera otro decreto, ya que en 1930 reaparece como villa.
En la cabecera existen el palacio municipal; dos templos, uno erigido en honor a Santa Clara y el otro a la Virgen de la Natividad, ambos construidos en el siglo XVII. Ademas, la exhacienda Tixbacab. Se pueden apreciar vestigios arqueologicos en la zona denominada Tzebtun.
Del 3 al 12 de Agosto en honor a Santa Clara, en la cabecera municipal; y del 13 al 15 del mismo mes en honor a la Virgen de la Asuncion, en la localidad de Tixbacab.