Fue edificado durante el gobierno de Santiago Aguirre (1734-1736), y a lo largo de la historia ha sufrido varias modificaciones en su fachada. Aquí se decidió la Independencia de Yucatán respecto a España.
En 1871 se colocó el primer reloj de la ciudad de Mérida. Asimismo, se celebraron las festividades nacionales del 16 de septiembre y del 5 de mayo, hasta 1892, cuando se inauguró el actual Palacio de Gobierno.
En la pared del descanso de la escalinata está empotrado el más antiguo escudo de Mérida, que alguna vez estuvo en la muralla oriental de la desaparecida Ciudadela de San Benito.
Su elevado patio trasero es vestigio de la pirámide maya de Baklum-Chaam, que estaba en dicho lugar. En el Salón de los Cabildos se puede admirar una pintura al fresco que representa una alegoría del mestizaje.
Ahora alberga las oficinas del H. Ayuntamiento y la Presidencia Municipal. Todos los lunes, frente al recinto, se lleva a cabo la tradicional vaquería a las 21:00 hrs.
Se ubica en la Calle 62, entre 61 y 63 del Centro Histórico