El primer dato que se tiene acerca del poblado de Chichimilá «Agua donde está el chechem», es un documento en el que se menciona que en este sitio existía una Encomienda a favor de la Sra. Micaela Alcocer y tenía como pensionistas a don Manuel Argaís y Noguera y a doña Juan de Argaís y Noguera.
Declarada la independencia de Yucatán y su posterior anexión al resto de la República Mexicana en 1821, Chichimilá queda integrado al partido de Valladolid.
Al igual que muchas poblaciones del oriente del estado Chichimilá es tomado por asalto durante el conflicto denominado «Guerra de Castas», que se verificó a mediados del siglo XIX.
El 25 de julio de 1875, es erigida en cabecera de una municipalidad perteneciente al partido de Valladolid.
En 1918, el pueblo de Chichimilá se erige en cabecera del municipio del mismo nombre por acuerdo de la «Ley Orgánica de los Municipios del Estado de Yucatán» del 17 de enero. (En el censo levantado el 30 de noviembre de 1921 el municipio aparece con dos pueblos: la cabecera y Xocén).
El 28 de enero de 1925, el pueblo de Xocén dejó de pertenecer a este municipio y pasó a formar parte del de Valladolid.
El 14 de febrero de 1935, se elevó a la categoría de ranchería en lugar denominado «Xhabín».
Exconvento de la Asunción, construido en el siglo XVI.
Del 1° al 18 de febrero se celebran las fiestas tradicionales del pueblo. En el mes de octubre se celebra a San Francisco de Asís, patrono del pueblo.