El Palacio que actualmente alberga las oficinas del Gobierno del Estado, fue construido en el mismo sitio donde estuvieron las antiguas «Casas Reales» en tiempos de la Colonia, que hospedaba a los gobernantes yucatecos así como a varios de sus principales colaboradores. Su ubicación está en el cruzamiento de dos de las más transitadas calles de Mérida: la 60 y la 61.
El proyecto del Palacio, tal como lo vemos en la actualidad, fue realizado en 1879 durante el gobierno del licenciado Manuel Romero Ancona, de acuerdo a un diseño del ingeniero Olegario G. Cantón.
En 1883 se demolió el edificio original, pero las obras de edificación del nuevo edificio no se iniciaron sino hasta el 2 de abril de 1887, cuando gobernaba el general Octavio Rosado, quien puso la primera piedra. La construcción del inmueble concluyó en 1892 y fue inaugurado el 15 de septiembre de ese año por el entonces gobernador coronel Daniel Traconis. En la obra prestaron su colaboración los ingenieros Vicente Solís León y David Casares.
El Palacio, de estilo ecléctico clasicista, cubre una superficie cuadrangular de 42 metros de frente y fondo. Consta de 2 plantas adornadas con portales y una hermosa escalera de piedra de cantera. En su interior destaca un patio central de grandes dimensiones.
Su fachada luce una réplica de la campana de la iglesia del pueblo de Dolores, que el sacerdote Miguel Hidalgo y Costilla utilizó para convocar al pueblo a una lucha que concluyó con la independencia del país.
El año de 1905 se adaptó al Palacio el Observatorio Meteorológico (hoy inservible); en 1920 se remozó el decorado y el 3 de enero de 1931 se descubrió el busto de Felipe Carrillo Puerto, obra del maestro Alfonso Cardona, en el descanso de la escalera principal. Hace años que dicha escultura no se encuentra en ese lugar.
Durante los períodos de gobierno de Carlos Loret de Mola (1970-1976) y Dr. francisco Luna Kan (1976-1982), el distinguido pintor yucateco Fernando Castro Pacheco (1918-2013) plasmó 27 pinturas murales que muestran pasajes de la vida del Estado, las cuales están distribuidas en las dos plantas del edificio: el Salón de la Historia, los corredores superiores e inferiores del Palacio, y el cubo de la escalera:
- «El suplicio de Jacinto Canek»
- «El triunfo de la República»
- «El Henequén»
- «Venta de Indios»
- «Guerra de Castas»
- «La Conquista»
- «Vicente María Velázquez»
- «La Imprenta»
- «Lucas de Gálvez»
- «Piratas Ingleses»
- «Sequía, Peste y Hambre»
- «Obispo Juan Gómez de Parada»
- «Fray Diego de Landa»
- «Francisco de Montejo, adelantado, hijo y sobrino»
- «Gonzalo Guerrero»
- «Nachí Cocom»
- «Instrumentos de Dominación»
- «Evolución Social del Hombre en Yucatán I»
- «Evolución Social del Hombre en Yucatán II»
- «Salvador Alvarado»
- «La lucha Eterna de México»
- «Reforma Agraria»
- «Las Manos del Cortador de Henequén»
- «El Hombre en Marcha»
- «Cosmogonía Maya I»
- «Cosmogonía Maya II»
- «Cosmogonía Maya III»
Asímismo, el maestro Fernando Castro Pacheco pintó las ocho efigies que integran el llamado Salón de los Retratos en la segunda planta del edificio. Los ocho retratos pertenecen a Vicente María Velázquez, Andrés Quintana Roo, Benito Juárez, Juan Crisóstomo Cano y Cano, Manuel Cepeda Peraza, Eligio Ancona, Felipe Carrillo Puerto y Salvador Alvarado.
