La Iglesia del Jesús, encomendada a los jesuitas, estuvo contigua al Colegio de San Francisco Xavier, fundado en 1618 y dirigido por la misma orden. Fue un centro de enseñanza superior en el que impartieron lecciones varios ilustres miembros de la Compañía.
Ubicada a una cuadra de la Plaza Principal, fue construida a finales del siglo XVII, por lo que su estilo es barroco, aunque se nota cierta influencia indígena en sus esculturas de piedra. Destaca en el exterior una hermosa cruz atrial sobre un zócalo de piedra labrada.
De notoria tendencia franciscana, lo más sobresaliente en el interior son los murales de reminiscencias religiosas e imágenes bíblicas que dan al templo un aspecto peculiar, único en Mérida. La decoración llega hasta las bóvedas, que están pintadas con flores, y parte de la franja o cenefa de volutas y motivos vegetales. La cúpula es semiesférica, de tambor circular. El retablo principal fue inaugurado a mediados del siglo XX.
