Es una dolina inundada de origen kárstico. Existen varios tipos de cenotes: a cielo abierto,
semiabiertos y subterráneos o en gruta.
Esta clasificación está directamente relacionada con la edad del cenote, siendo los cenotes maduros aquellos que se encuentran completamente abiertos y los más jóvenes los que todavía conservan su cúpula intacta. Como otras muchas estructuras geomorfológicas, los cenotes son estructuras transitorias, que finalmente pueden terminar rellenos y desecados, pasando a formar parte de lo que se conoce como un río subterráneo paleokarst.
Los cenotes son profundos pozos naturales. Constituyen quizá, el fenómeno natural más interesante de Yucatán.
Sin ellos el antiguo pueblo maya hubiera carecido de agua suficiente, pues no hay ríos ni lagos de importancia en Yucatán. … La mayoría de las aguadas son poco profundas comparadas con los cenotes.
Su morfología suele ser típicamente subcircular, y con las paredes abruptas. Por la evolución del macizo kárstico, el cenote comienza siendo una cámara subterránea producida por la disolución de la roca caliza por la infiltración del agua de lluvia. Finalmente, conforme la cavidad va aumentando de tamaño, el cenote puede terminar aflorando a la superficie por colapso de la cúpula.
Los cenotes se formaron durante las épocas de bajada del nivel del mar durante los pulsos glaciares del Pleistoceno. Los cenotes son, en la mayor parte de los casos, ensanchamientos de complejas redes fluviales subterráneas. En estos, el agua marina, más densa que la dulce, puede penetrar por el fondo del sistema freático. Por ello, hay cenotes en los que a partir de determinada profundidad el agua pasa de dulce a salada, incluso a muchos kilómetros de la costa. Esta superficie de contacto entre el agua dulce y marina recibe el nombre de haloclina, y provoca interesantes efectos visuales.
