Sobre la fundación de Baca «Lugar donde se derrama el agua» no hay datos exactos, no obstante se presume que fue antes del siglo XV.
En 1441 a raíz de la caida de Mayapán es cuando el municipio pasa a pertenecer a la privincia de Ceh-pech, llamada asi en la relación al nombre del caudillo que dominaba esa región hasta antes de la llegada de los españoles.
En 1542, durante la conquista, el Batab (cacique) de la población Ah-Op-Pech al ser bautizado recibió el nombre de Ambrosio Pech; el mismo año fue nombrado gobernador y fue sutituído por su hijo Pedro Pech en 1567.
En 1704, la encomienda en el municipio perteneció a don Pedro Cepeda y Lira (hijo) como pensionista, teniendo 1548 indios a su cargo.
El 15 de octubre de 1881, el pueblo de Baca se erige como Villa.
En 1900, Tixkunheil comisaría de Baca, adquiere la caategoría de pueblo.
El 18 de marzo de 1912, la finca rústica de San Antonio Tzutzá y su anexo «Yaxnic» pasan a formar parte de municipio dejando de pertenecer a Tixkokob.
En 1921, Baca deja de ser Villa, adquiriendo nuevamente la categoría de pueblo, para tener derecho a la dotación de tierras.
Existen dos templos, uno en honor a la Virgen de la Asunción, construido en el siglo XVII y el otro en honor a la Santa Cruz construido en siglo XX. Se pueden apreciar también varias exhaciendas como la de Siniltum, Santa María, Hili y Sacapuc.
Del 1° al 3 de mayo se lleva a cabo la fiesta en honor a la Santa Cruz; del 15 al 19 del mismo mes a San Isidro Labrador.