El territorio actualmente ocupado por el pueblo de Uayma «Agua del huayo», perteneció durante la época prehispánica a la Provincia de los Cupules. Se han encontrado vestigios arqueológicos que demuestran que en este pueblo existió un antiguo poblado maya.
No se ha podido determinar la fecha exacta de la fundación de Uayma por parte de los españoles, pero se cree que fue entre los años 1549 y 1579, dado que para esas fechas ya se había establecido una Encomienda en este sitio.
Cuatro años después de la independencia de Yucatán y su posterior anexión al resto de la República, Uayma pasa a formar parte del partido de Valladolid.
A mediados del siglo XIX, durante el conflicto armado, conocido como «Guerra de Castas», el pueblo de Uayma fue saqueado de inmediato por los sublevados, tiempo después es recuperado por las tropas del gobierno, poco a poco vuelve a repoblarse con sus antiguos moradores y nuevos vecinos.
El 12 de mayo de 1912, la finca rústica Kuxcheé deja de pertenecer a la municipalidad de Uayma.
En 1918, el pueblo de Cuncunul se erige en cabecera del municipio de su mismo nombre, segregándose de Uayma y sustrayéndole una parte de su territorio.
En 1918 el pueblo de Uayma se erige en cabecera del municipio de su mismo nombre de acuerdo con la Ley Orgánica de los Municipios del Estado de Yucatán.
El 1° de enero de 1920, el pueblo de Kaua que perteneció al municipio de Cuncunul pasa a formar parte del municipio de Uayma.
El 17 de marzo de 1922, el pueblo de Kaua pasa a formar parte nuevamente del municipio de Cuncunul.