El sitio en el que hoy se levanta el pueblo de Tixcacalcupul «Pozo de dos bocas de Cupul», perteneció, durante la época prehispánica, a la provincia de los Cupules.
No se sabe la fecha exacta en que fue fundada, sin embargo, se han encontrado pruebas documentales de que hacia 1550 se estableció ahí una Encomienda.
Desde su fundación, el pueblo de Tixcacalcupul formó parte del partido de Valladolid.
En agosto de 1847, en el período de lucha conocido como «Guerra de Castas», los indígenas sublevados tomaron por asalto el poblado, asesinando a casi todos sus habitantes.
En 1918, al disolverse el partido de Valladolid, se erige en cabecera del municipio de Tixcacalcupul.
Por decreto del 10 de junio de 1919, el pueblo de Tekom dejó de pertenecer a este municipio y se convirtió en cabecera del municipio del mismo nombre. Tixcacalcupul perdió entonces una buena parte de su territorio al formarse el municipio de Tekom.
El 20 de agosto de 1932, se elevó a la categoría de pueblo la ranchería Ekpedz.
El 14 de febrero de 1935, adquirió la categoría de rancherías las localidades de Poop y Mahas.