No se ha podido establecer la fecha de fundación del pueblo de Chikindzonot «Cenote en el poniente», sin embargo, se ha podido comprobar que a fines del siglo XVI se encontraba establecida una Encomienda que duró hasta el final de la colonia.
Declarada la independencia de Yucatán y su posterior anexión al resto de la República Mexicana en 1821, el poblado de Chikindzonot pasa a formar parte del partido de Valladolid.
El 24 de diciembre de 1847, es atacado el pueblo de Chikindzonot por los indígenas sublevados, lo que produce el éxodo de las 300 familias de blancos que habitan esta localidad. A raíz de lo anterior, el pueblo de Chikindzonot permaneció abandonado durante toda la segunda mitad del siglo XIX.
En 1848, como parte de los movimientos militares tendientes a recuperar -de manos de los sublevados- el pueblo de Chikindzonot, el coronel Eulogio Rosado y Estevéz establece su cuartel general en la población de Ichmul, a 25 kilómetros.
El 9 de enero de 1849, al mando de un destacamento de 300 soldados el teniente coronel Pablo A. González y Osorio recupera -tras reñida batalla- el poblado de Chikindzonot.
El 21 de febrero de 1957, en virtud de un decreto del Congreso del Estado se forma el municipio libre de Chikindzonot, a partir del municipio de Tekom. El pueblo de Chikindzonot se erige en cabecera del municipio.
En 1960, según los datos del VIII censo, este municipio contaba sólo con un pueblo: la cabecera.
A partir de 1970, año en el que se levantó el IX censo, en el municipio de Chikindzonot aparecen registrados oficialmente -dos pueblos: la cabecera e Ichmul.
Las iglesias de San antonio de Padua, La Purísima Concepción y San Pedro (siglos XVI y XVII), el palacio municipal (siglo XIX). También existen monumentos arqueológicos como los siguientes: Xalau, Tamba, Bolmay, Petul, Sotpol, Xuyap, Poxil, Xcoom, Palaban, Xmaos y Xcan.