El sitio que hoy ocupa el pueblo de Conkal, que significa, Lugar del Pescuezo, perteneció a la provincia maya de Ceh-Pech.
Poco después de fundada la ciudad de Mérida, se estableció en Conkal una encomienda a favor de la familia Montejo; paralelamente, los frailes franciscanos, como parte de su obra evangelizadora entre los indígenas, comenzaron a levantar el cuarto convento que habría de construirse en la península y que en nuestros días se encuentra abandonado y semidestruido.
Una vez declarada la independencia de Yucatán en 1821, y su posterior incorporación a la República Mexicana, el pueblo de Conkal paso a la jurisdicción del partido de la Costa, cuya cabecera fue Izamal.
Como consecuencia del conflicto armado conocido como guerra de Castas, el gobierno del Estado aplica en esta población estrictas medidas de seguridad, en contra de todos los nativos sospechosos de colaborar con los sublevados.
Al modificarse la división territorial del estado en la segunda mitad del siglo XIX, el pueblo de Conkal pasó a formar parte del partido de Tixkokob.
En 1918, Conkal se erige como cabecera municipal.
El exconvento de San Francisco de Asís construido en el siglo XVII, y la exhacienda San Lorenzo Kantul.
Museos: El ex convento de San Francisco, ubicado en la cabecera municipal restaurado en los años 2000 y 2001, y habilitado como museo de arte sacro en el estado.
Centros Turísticos: Museo de arte sacro en el estado.
Del 1° al 8 de Mayo se celebra la fiesta en honor a la Santa Cruz.