La mandó construir el padre Francisco Hernández el 24 de marzo de 1545. En 1705 fue demolida por orden del obispo don Pedro de los Reyes Ríos, a raíz de su profanación en el llamado «Crimen de los Alcaldes».
En 1706 fue reconstruida como hoy la contemplamos, y para evitar que el altar del nuevo templo tuviera la misma posición en la que fuera agraviado, se le dio una nueva orientación.
Por tal motivo la iglesia está dirigida hacia el norte y no al poniente, como la generalidad de los templos yucatecos de la época colonial que miran a Roma.
En la fachada principal se observa un escudo labrado en piedra con arabescos, corona real y cordón franciscano, y en el centro tiene un águila y la palma, característico de las iglesias hechas por los franciscanos.
A los lados de la parte central de la fachada se levantan dos torres de planta cuadrada compuestas de tres cuerpos, y sobre la fachada principal está la caseta del reloj, el único público de la ciudad.
En ella se exhibe los cañones que sirvieron para recuperar la ciudad en 1848, entonces en manos de los indios rebeldes que iniciaron la Guerra de Castas.